Viện Nghiên cứu khoa học biển và hải đảo có cơ cấu tổ chức gồm:
– Lãnh đạo Viện: Viện trưởng, Phó Viện trưởng
– Hội đồng khoa học
– Hội đồng cố vấn
– Các phòng, ban chuyên môn:
+ Phòng Tổ chức – Hành chính – Quản trị
+ Phòng Tài chính – Kế toán
+ Phòng Hợp tác quốc tế
+ Phòng Nghiên cứu khoa học và triển khai ứng dụng
+ Phòng dịch vụ khoa học công nghệ – Đào tạo
Viện trưởng: TS.LS. Nguyễn Bá Cường
